活性脫碳過濾器使用時是必須要消毒的，要不大家使用的水就會摻有其他有害物質，就像我們平時用的碗筷需要消毒是一樣的道理，那么活性脫碳過濾器該如何進行消毒呢?

接觸水處理過濾的工作人員都清楚，尤其是污水、有機廢水和較復雜的水質來說，處理起來是要經過活性碳、水處理絮凝劑、聚合氯化鋁、石英砂濾料、無煙煤濾料濾層等層層過濾后才能得到理想的水質。其中任何一個環節、過濾設備的消毒都是很重要的。

活性脫碳過濾器日常的處理方式是進行正洗和反洗，它只能沖掉煤質柱狀活性碳間絮凝物和懸浮顆粒，無法清理活性碳內表面的吸附物。柱狀活性碳在使用一定時期后，會減弱其吸附能力，而需要再生，為使該處理單元具有一定的微生物的附著能力，又不會因微生物積累過多而對下流處理環節造成污染，需定期將柱狀活性碳移除進行巴氏消毒。